Nach 3ojähriger Laufzeit liefen die Pachtverträge der Preußen Elektra 1993 aus, die Kesselanlagen wurden demontiert und entsorgt. Auch die großen Schornsteine auf dem Dach wurden abgebaut.
Da es bereits in dieser Zeit sinnvolle Planungen für die Umnutzung der Gebäude gab, war erst einmal der Bestand der Südzentrale gesichert. Hier sollte das Deutsche Marine Museum errichtet werden, welches durch einen privaten Förderverein geplant wurde. Die Anlagen der Südzentrale wären ideal gewesen, hätte man damals geahnt, wie viel Publikum dieses Marinemuseum bis heute nach Wilhelmshaven zieht. Leider hatte man damals doch nicht den Mut, genügend Geld und das Vertrauen in das eigene Vorhaben, um in dieses große Gebäude als privater Verein zu investieren.
So wurde das Gebäude dann 1993 ohne weiteren Nutzen vom Bund an private Investoren verkauft.
Mit diesem Verkauf begann leider auch der eigentliche Niedergang dieses einst so wichtigen Gebäudes der Werft. Denn auch die Ausweisung zum Kulturdenkmal im Jahre 1987 hat dem Gebäude nicht helfen können, in seinem Wert gerecht behandelt zu werden.